农历九月二十三日（1861年10月26日），在热河的皇室起驾回京。按照过去的规矩，新皇帝一路上每天要先把大行皇帝的灵柩送走，然后赶在灵柩之前到达驻跸行宫迎接。考虑到载淳太小吃不了这个苦，因此，大臣们上奏建议载淳先行回京，在东华门外恭迎灵柩即可。这就给慈禧早到京城准备政变创造了时间。

　　临走之前，已经觉得没什么威胁的肃顺等人犯了个大大的昏招，大概是觉得自己职务繁重，他们主动卸掉了銮仪卫、步军统领的职位，并交出了上虞备用处、向导处的职权，这几个职位都和皇帝出行的保卫工作有关，特别是步军统领，相当于首都卫戍区司令，兵权在握。两宫太后就这样轻松地解除了肃顺等人的兵权，新任命的接管这几个部门的官员，都是奕的人。

　　肃顺的昏招还没出完，他们做出了这样的分工——肃顺跟着咸丰的灵柩在后面慢慢走，其他七个人跟着两宫皇太后和小皇帝率先回京，这就等于是八大臣来了个“首尾分离”，肃顺没帮手，其他七人缺了主心骨。

　　慈禧太后上路后，有一种说法是肃顺曾派杀手行刺，不过没有得手，电影《垂帘听政》也如此描绘。这出自曾经在二十世纪初在慈禧身边待过几天的德龄的叙述，完全不可信。德龄写了很多晚清宫廷的书，文学描写的成分很大。分析当时形势，肃顺就根本没把慈禧当做一个对手，杀她机会一大把，更用不着使出这种手段。

　　九月二十九日（11月1日）下午，两宫太后和小皇帝到达京城，不顾鞍马劳顿，当天就和奕商定第二天政变事宜，并且更换了大内侍卫。而一同到京的载垣和端华，安心回家休息，啥事没干。

　　九月三十日（11月2日），两宫太后召见留在京城的王公大臣们，载垣、端华不在此列，来的人以奕同党为主。慈禧没有向众人提及政变的事情，只是一把鼻涕一把眼泪地控诉肃顺等人欺负他们孤儿寡母的暴行，说肃顺完全和董卓、曹操对待汉献帝一样，然后征求大臣们对此事的看法。和肃顺结仇很深的大学士周善培心领神会，迫不及待地跳出来说：“先令解任，再予拿问。”慈禧太后点头称善，然后拿出早已拟好的上谕，宣布肃顺等人的罪状。

　　当奕向载垣和端华出示将其治罪的上谕时，没有了肃顺顶在前面壮胆，两位王爷只得束手就擒，被夺取冠带押出隆宗门。八大臣去七，只剩下最为棘手的肃顺了，此时他才走到密云，对京城发生的事情毫不知情。当天晚上，他安置好咸丰的灵柩，搂着妻妾入眠。深夜，睿亲王仁寿和醇郡王奕抵达密云行宫，在奕同党掌管的上虞备用处、向导处的配合下，兵丁一拥而上，砸破大门，解除了肃顺亲兵的武装，直扑肃顺的寝室。肃顺听见外面喧闹，知道大事不好，虽然扯着嗓门骂骂咧咧，但已无任何反击能力，很快就被擒获，押赴京城。

　　十月初六（11月8日），慈禧发布上谕，否认咸丰遗诏，宣称那封由大臣代笔的遗诏是八辅臣伪造，下令将肃顺斩首，让载垣、端华自尽，另外五大臣则被革职或充军。奕和慈禧没有扩大打击面，把肃顺和其他官员的通信一把火烧掉，以拢络人心，显示了相当成熟的政治手腕。

　　十月初九（11月11日），上谕宣布废除八大臣原拟的“祺祥”年号，改明年（1862年）为同治元年，两宫太后垂帘听政。加封恭亲王奕为议政王大臣，军机大臣领班。奕、文祥、胜保等人也得以加官晋爵。

　　这次政变造成了慈禧和奕共同执政的朝局，人称“叔嫂共和”。不过，没有人能够和慈禧分享权力，1884年，她又玩了一次政变，将奕为首的军机大臣全班罢免，史称“甲申易枢”。